高度な農業技術を導入した場合、作物の安全性をどのように保証することができますか?

私は日常生活で野菜を育てる趣味がありますが、先日、家庭菜園で使った新しい肥料のせいか、収穫したトマトの味が変わってしまいました。それからというもの、食品の安全性に対する不安を感じています。そこで質問ですが、高度な農業技術を導入しても作物の安全性や品質を損なうことなく保証する方法はどうすれば良いのでしょうか?具体的な管理方法や確認ポイントについて教えてください。